航空
南通兴东机场位于南通城区东北18公里的通州区兴东镇，占地面积1700多亩，于1992年底竣工，1993年投入使用。可乘坐公交32、41、44、45、55、25、14、126路到达。
公路
高速公路主要有：沈海高速公路（G15沿海高速）、G40沪陕高速公路、宁通高速、启扬高速（S28）、通锡高速（S19）、通洋高速（在建），南通市区设有6个互通上下道口。
南通境内有2条国道：204和328国道。
苏通大桥2008年6月30日建成通车，崇启大桥2011年12月24日建成通车。
黄海大桥于2008年7月16日全线贯通，2008年底建成通车。
南通汽车客运东站于2014年1月8日投入运营。形成以南通汽车客运东站、南通汽车站为始发站，狼山站、九圩港站为配载站的新布局。
至2013年底，南通市公路总里程达17995.447公里，公路密度达224.91公里/百平方公里。其中，高速公路297.987公里，一级公路1066.929公里，二级公路1570.952公里，三级公路1667.456公里，四级公路13321.136公里，等外公路70.987公里。公路客运站9个。
南通市区城市快速路
2009年5月，南通市启动快速路网改造工程，首条快速路通沪大道高架开建。南通快速路网起步虽晚于苏南地区约5年，但发展速度快，于2012年底实现赶超，总里程和互通水平跃居全省第一方阵，苏中苏北领先。经过5年努力，环城快速路（除啬园路段因轨道交通建设暂缓实施外）全部围合贯通，中轴快速路全线开放交通，辐射城市外围高速公路的快速通道大部分建成。
2014年5月30日，通京大桥（3号桥）、通吕5号桥立交开放交通，市区快速路网“北环”（江海大道）与“中轴”（通京大道）、“东环”（东快速路）实现贯通。“中轴”通京大道全长10.2公里，通行约8分钟。环城快速路东西南北四个方向全勤通达，基本实现了10分钟上高架、20分钟上高速、30分钟城市组团通勤的畅达目标，标志着市区首轮快速路网升级改造基本完工。
截至2014年7月20日，南通市快速路网总里程达83.24公里，其中长江路西延在建3.6公里，共建成9座城市立交、33对上下匝道、10座跨线桥、7座天桥和2个隧道。
铁路
已建成的新长铁路、宁启铁路穿境而过，正在建设中的沪通铁路也穿境而过，规划中北沿江高速铁路、盐通铁路也穿境而过，境内主要的客站有：南通站，如皋站和海安县站。南通站现已融入国家铁路网，从南通可以到达全国各地，海安县站为江苏省除徐州外的最大的二级编组站。南通东站已开通货运。
2014年3月1日，世界最大跨度公铁两用斜拉桥——沪通长江大桥进入实质化建设阶段。
2018年1月16日，南通至盐城的盐通高铁开工，新建正线全长156.6公里，设计速度目标值为350公里/小时，沿线共设站6座，项目总投资262.8亿元，建设工期为4年，南通境内设海安县站、如皋南站、南通西站，项目建成后，将与徐宿淮盐铁路、沪通铁路等相连构成京沪高铁通道徐州以南的重要分流通道，并通过沪通铁路长江大桥成为衔接长江两岸高铁环线的重要线路。
水路
南通港是中国十大港口之一，也是长江水系江河运输直达中转的枢纽。
截至2013年底，航道总里程达3521.6公里。其中，三级航道：91.44公里，四级航道：12.48公里，五级航道：16.63公里，六级航道312.74公里，七级航道：386.98公里，等外航道:2701.33公里。通航船闸5座。